為博士生必選課程，也是全所師生共同參與之核心課程。須以英語進行口頭報告，訓練同學歸納分析、獨立思辨及學術表達之能力。每學期每位修課學生皆須報告兩次，其中博一下時須提出其研究計畫，博二下乃包括一次進度報告。除了口頭報告外，尚須繳交書面報告，於課堂上參與討論及發言情形，也列入學期成績評量之項目。

高等微生物學 Advanced Microbiology

本課程主要目的希望以深入淺出之方式講述基本口腔微生物學，即使沒有修過微免之學生，也可藉本門課程，對口腔微生物有所了解。內容包括細菌結構、分類及鑑定，口中微生物之生態，牙菌斑及牙結石之形成，蛀牙、牙周病、牙髓炎之致病菌及宿主免疫系統在這些疾病所扮演之角色，病毒之結構、複製及分類，病毒進入細胞之機轉，口腔單純皰疹病毒之重要性。除此之外，並安排數次科學文獻討論，將幾個主題做更深一步之了解。

高等生物化學 Advanced Biochemistry 
高等生物化學是一門針對口腔生物研究所學生所設計的課程，為大學部與研究所課程之銜接。目的是使來自不同領域之學生，在修習本課程後，均能具備從事分子生物學相關研究的基礎。因此內容是以分子生物學的觀點探討：核酸之構造，遺傳訊息之複製、轉錄、轉譯及其調控，胺基酸、蛋白質之構造及功能。除了理論介紹，還包含了各種研究方法原理之探討。

口腔癌基因體學 Genomic Studies in Oral Cancers

口腔癌基因體學是以研究口腔癌之基因體及附基因體變異為基礎，並延伸至其他腫瘤之變異，以了解基因體及附基因體層次的改變，在腫瘤生成所扮演的角色。其內容包含：基因多型性在罹癌機率、腫瘤生成及轉移、治癒率上所扮演的角色；口腔腫瘤中各種已知及未知microRNA的表現情形，與口腔癌發展的關係；多倍染色體與癌症生成的相關性及重要性；現代基因治療的策略及成效評估等主題，以論文導讀的方式進行探討。

口腔腫瘤幹細胞特論 Special Topics on Oral Cancer Stem Cells 

口腔腫瘤幹細胞特論主要是以分子生物學的觀點，探討腫瘤生成過程中負責腫瘤生成的少數量腫瘤幹細胞的變化及功能。以研讀現今各相關之研究論文並進行討論，在研讀他人的研究成果時，亦能對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種致癌基因及抑癌基因在腫瘤幹細胞各階段所扮演的角色、化學致癌物及腫瘤相關病毒對腫瘤幹細胞的研究、腫瘤幹細胞在基因治療癌症上的應用、腫瘤幹細胞對腫瘤血管生成之調控、腫瘤幹細胞內抑癌基因甲基化及其基因表現、端粒調控與腫瘤生成等。

基因損壞及修復特論 Special Topics in Gene Damage and Repair

癌化乃是由於染色體或基因遭到損害而造成細胞不正常的生長，過程中常牽涉了整個基因之改變，其中基因之功能損害與修補扮演一非常重要之角色。
DNA修補基因依其作用方式可分為：(1) 鹼基刪除修補基因，(2) 配對錯誤修補基因，(3) 核?酸刪除修補基因，及(4) DNA雙股斷裂互輔修補基因。本課程每週上課時數二小時，除了系統介紹以外，將以閱讀相關文獻並作口頭與書面報告為主要授課方式，以利更深入之探討。

研究方法 Research Methodology
一個好的研究，必定始於一個好的問題。然後再佐以縝密的思考、合乎邏輯的演譯、適當而精密的工具、以及不厭其煩化繁為簡的工夫。本課程的宗旨，就是要請各方的與口腔生物科學有關的各領域的專家，秀一下他（她）們的拿手絕活。特別是如何突破迷障，發掘問題；又是如何應用現代的觀念與科技，針對問題蒐集並分析資料；如何闡釋所得之結果，並進而發掘下一個問題。在探討的主題方面，包括：取樣與偏差、統計軟體介紹、口腔疾病、口腔微生物、骨再生之微細循環、牙周病學、細胞學及分子生物學、機械刺激對細胞生理之影響、口腔癌分子生物研究、口腔胚胎與組織學、氣喘及過敏、以及細胞內之訊號傳遞系統等。

應用生物統計學 Applied Biostatistics 
本課程旨在增進學生對統計學之理論、內涵及分析技術之瞭解。課程設計將運用實際資料分析之經驗，使學生瞭解統計之應用時機、相關的假設及限制，藉以激發學生對數據分析的興趣。課程內容包括：推論統計之概念、虛無假設之驗證與母數之信賴區間估計、相關分析、迴歸分析、變異數分析、類別資料之分析、區別分析、無母數分析等。強調學生能從實際資料分析的經驗中，應用適當的統計方法，以實證的方式驗證研究假說。

小鼠遺傳學在口腔生物研究特論
本課程宗旨，在於教導學生由對小鼠遺傳學基礎之認知，進而探討目前已建立之小鼠遺傳學系?模式。藉此，學生能更進一步了解各基因在活體外(in vitro)及活體內(in vivo)上所扮演的角色。授課內容包括：轉殖鼠(Transgene Mice)建立之方法與技術，基因剔除小鼠(Conventional and Conditional knockout mice)之差異，現今已發表之小鼠遺傳學模式對一般或口腔之致病機轉之導讀。每週上課時數二小時，其中包括相關文獻之研讀及口頭與書面報告。

口腔分子免疫學
口腔分子免疫學主要是以分子生物學的觀點，探討免疫學在口腔生物學所扮演之角色。以現今各研究論文之結果進行討論及提報綜合結論，並佐以現今分子免疫學之新知。期在研讀他人的研究成果時，亦對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種基因在一般或口腔免疫各階段所扮演的分子機制、化學致癌物及口腔免疫與腫瘤相關的研究。

高等口腔病理學 Advanced Oral Pathology

本課程藉由病理學觀點及現代生物學之研究方法，對口腔之各類病變，做有系統之介紹分析。本課程將口腔疾病，分類成發育、炎性、腫瘤及代謝四大類。內容包含：淋巴介白素之作用及生化機轉、骨骼及硬組織之發育與重塑、骨生物學之發展、檳榔之毒性與毒理以及口腔癌之分子病理學。口腔生物研究所學生研習將作分子醫學之讀書報告；牙醫科學研究所學生則偏重病症實例報告與口腔黏膜疾病之分析與鑑別診斷。

高等口腔免疫學 Advanced Oral Immunology

本課程宗旨，在於教導學生由對基礎免疫學之認知，進而探討免疫機制在口腔生理及各種病理現象中所扮演的角色。授課內容包括：自然免疫(natural immunity)和特異免疫(specific immunity)系統及其作用，口腔之防衛系統，由免疫學觀點來看口腔疾病之致病機轉，如蛀牙，牙周病，口腔黏膜病變與傳染性疾病等。每週上課時數二小時，其中包括期中考，相關文獻研讀之口頭與書面報告。

高等細胞與分子生物學 Advanced Cellular and Molecular Biology

本課程為口腔生物研究所學生必修，旨在對基礎細胞之構造與分子生物功能作有系統之介紹，使本所同學能循序漸進，了解基因調控，核酸蛋白質交互作用等生命現象之基礎。課程前半部為對各細胞質、細胞膜及細胞核之構造功能之綜論，後半部則逐一對訊號傳遞、神經、免疫、發育、癌症及病毒分生等專題作深入之探討。列有教科書及講義以便預習及複習。

口腔腫瘤分子特論 Oral Molecular Oncology Journal Club

口腔腫瘤分子特論主要是以分子生物學的觀點，研究腫瘤生成過程中所發生的變化。以現今各研究論文結果之綜合報告及討論進行，在研讀他人的研究成果時，亦對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種致癌基因及抑癌基因在腫瘤生成之各階段所扮演的角色、化學致癌物及腫瘤相關病毒的研究、基因治療在癌症上的應用、腫瘤血管生成之調控、抑癌基因甲基化及其基因表現、端粒調控與腫瘤生成等。

高等口腔微生物及免疫學 (Advanced Oral Microbiology and Immunology)
高等口腔微生物及免疫學主要以分子生物學的觀點，探討微生物在口腔疾病所扮演之角色，並其與免疫調控的相關性。本課程以期刊閱讀為主，期藉由研讀相關科學文獻，對於口腔微生物及免疫研究方法有更深入之探討。

電化學之理論與應用 (Principles and Applications of Electrochemistry)
本課程將介紹電化學之基礎理論與其在牙醫科學領域之應用。授課內容包括：1.電化學之基礎原理（包含電化學熱力學及動力學）、2.電化學儀器介紹及實驗技巧、3.電化學在生醫工程及牙醫科學之實例應用、4.最新相關文獻研讀及討論。評分方式以期中及期末考試為主（各佔50%）。授課方式以自編講義教材為主，輔助以互動式教學光碟，強調師生互動教學。每週授課二小時。

骨再生學特論 (Special Topics in Bone Regeneration)
骨再生學特論目的在介紹骨再生的不同治療方法及應用〈特別著重牙科相關應用〉。課程方式為先研讀相關研究論文及研究成果，在報告後進行討論。課程內容包含骨癒合基本知識、各種骨再生治療方法〈如不同骨移植體、牽引性骨骼增生術、富含血小板血漿、骨再生因子〉及與牙科相關的再生應用〈如顎顏面手術、牙周組織再生、象牙質再生〉。

基因治療特論 (Special Topics in Gene Therapy)
基因治療特論目的在介紹基因治療及其在再生醫學〈特別著重骨再生方面〉的應用。課程方式主要為研讀並報告相關研究論文，再進行深入討論，探討基因治療的基本知識、研究方法及現今發展概況。課程內容涵蓋基因治療簡介、各種病毒性及非病毒性載體、不同基因治療方法、基因治療在組織再生及骨組織工程之應用等。

口腔生醫材料表面分析(Surface Analysis of Oral Biomaterials) 

本課程將介紹口腔生醫材料表面分析與其在口腔科學領域之應用。授課內容包括：1. 口腔生醫材料之表面特性（包含物性、化性、生物相容性）、2. 口腔生醫材料表面特性與生物組織（包含細菌、血液、細胞）之相互關係、3. 口腔生醫材料表面特性之分析方法、4. 最新相關文獻研讀及分組討論。評分方式以期中及期末考試為主（各佔50%）。授課方式以自編講義教材為主，輔助以互動式教學光碟，強調師生互動教學。每週授課二小時。

膠原蛋白的應用 (Applications of collagen-based materials)
本課程的主要目的在增進修課學生生醫材料的知識，並探討膠原蛋白材料在組織工程學上的應用。主要內容為膠原蛋白分子結構，重組，纖維成形，交聯，軟硬骨的膠原蛋白組成，藥物傳輸，膠原蛋白複合材以及微機電傳感器。本課程每週上課二小時，除了系統介紹外，並閱讀相關文獻且作口頭以及書面報告，以利對膠原蛋白材料應用的深入了解。